当前观察：陈玲玲研究员等统一环状RNA命名规范，推动环状RNA研究交流和发展

2023年1月19日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）陈玲玲研究员受邀组织国际同行专家达成共识，在Nature Cell Biology发表了题为：A guide to naming eukaryotic circular RNAs的论文，系统地对环状RNA命名进行了梳理和总结，提出了环状RNA规范命名原则，并呼吁领域同行专家共同努力，推动环状RNA命名规范化进程，促进环状RNA研究交流和发展。

与其它早期发现的环状RNA（例如病毒基因组环状RNA和真菌自剪接产生的环状RNA等）不同，最近10年的研究发现外显子反向剪接来源的环状RNA（circular RNA of back-splicing of eukaryotic exons，简称为circRNA）在真核生物细胞中广泛表达，其数目可达数十万个；更为重要的是，circRNA可通过多种分子机制在生理或病理状态下发挥重要的生物学功能，这也使针对环状RNA的研究成为领域前沿之一。

但是，领域内对circRNA的命名欠缺统一规范，在一定程度上阻碍了科研成果的有效分享。例如，同一个基因位置可以产生多个环状RNA，简单地利用“circ”前缀加基因名的命名方式无法准确定义给定的一个环状RNA（图1）。为解决该难题，陈玲玲研究员应邀组织一批国际同行专家提出了统一的环状RNA命名方式，可有效区分相同基因位置的不同circRNA转录本。

(资料图片仅供参考)

环状RNA领域专家达成共识，以下规范命名环状RNA。

首先，在现有“circ”前缀加基因名命名的基础上，建议加入对应外显子序号信息，以区分来源于同一个基因位置但具有不同外显子（包括可变反向剪接外显子和内部可变剪接外显子）组成的环状RNA（图1和2d）。

其次，针对环状RNA内部存在的其它可变剪接形式，建议加入特定字符RI（retained intron）、S（short）或L（long）以明确内部可变剪接产生的内含子或外显子信息（图2e-g）。

另外，对于包含现有注释中不存在外显子（包括可变反向剪接外显子和内部可变剪接外显子）的环状RNA，建议使用NE（new exon）作为占位符以示区分（图2h和2i）。

最后，针对来源于融合基因的环状RNA，专家们建议与国际最新的融合基因命名方法统一，在两个融合基因之间以“::”标注，并加入所含外显子的序号信息（图2j）。

专家们同时指出，环状RNA的命名建立在国际标准基因和转录本命名基础上，因此提供配套的基因（和转录本）注释信息对于规范环状RNA命名至关重要。除了利用常规的NCBI和EMBL-EBI注释信息，MANE（Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI）注释信息可在今后也用于环状RNA的注释。专家们还建议，今后研究中除了统一命名，标注环状RNA基因组位置（及其版本）、具体序列、以及清晰的结构示意图等将为有功能的环状RNA研究共享和交流提供便利。

该领域观点论文由中科院分子细胞卓越中心陈玲玲研究员联合来自于中国、美国、德国、丹麦、意大利和新加坡等的15位国际同行专家完成，陈玲玲研究员、复旦大学生物医学研究院杨力研究员和美国贝勒医学院Jeremy Wilusz教授为该论文的共同通讯作者。

近年来，随着环状RNA功能、作用被逐步揭开，围绕“环状RNA”的研究工作越来越受到重视与关注甚至是热捧，以中科院生化细胞所陈玲玲研究员为代表的一批国内的优秀科学家近年来在“环状RNA”领域做出了系列重要的工作。尽管未来仍存在很多挑战，但毋庸置疑，环状RNA是一个尚未完全开发的巨大资源宝库。期待通过科学家、企业家和各界人士的共同努力，使circRNA在肿瘤预防、诊断和治疗中发挥更大作用，更快实现临床转化。

原文链接：

https://doi.org/10.1038/s41556-022-01066-9